La abadía de Saint-Victor fue fundada en el siglo V por Jean Cassien, que fue acogido favorablemente por Próculo, obispo de Marsella (380-430). Anacoreta (religioso retirado de la sociedad), Casiano fue sin duda el iniciador de la vida monástica en Marsella. En el emplazamiento de la actual abadía se organizó un culto en torno a una tumba venerada que, según la tradición, alberga las reliquias del mártir marsellés del siglo IV San Víctor.
Cada año, en la época de la Candelaria, tiene lugar una importante peregrinación a Saint-Victor. En la mañana del 2 de febrero, una procesión parte del Puerto Viejo hacia la abadía de Saint-Victor por la calle Sainte. La Virgen Negra conservada en las criptas es vestida con su manto verde y presentada a la multitud; el arzobispo la bendice, bendice también a la ciudad y celebra la misa. A continuación se dirige a la Four des Navettes, donde bendice las pequeñas galletas (las llamadas «navettes») en forma de barco típicas de Marsella.
En su emplazamiento y en la antigüedad, existía una cantera al aire libre cuyos bloques excavados se utilizaron para construir el Puerto Antiguo.
Esta cantera, instalada fuera de las murallas, albergó muy pronto una necrópolis. Marsella sólo ocupaba la orilla norte del Puerto Viejo; la orilla sur estaba aún deshabitada, y en la antigüedad estaba prohibido ensuciar el interior de la ciudad enterrando a los muertos. Por ello, se crearon varias necrópolis fuera de la ciudad, entre ellas la de San Víctor.
En esta cantera descansa el cuerpo del mártir cristiano Víctor: Víctor era un soldado romano que se negó a sacrificarse en honor de los ídolos. Durante las persecuciones, fue destripado, aplastado bajo una piedra de molino y arrojado al Puerto Viejo.
La tumba de Víctor pronto se convirtió en lugar de peregrinación, y muchos marselleses deseaban ser enterrados cerca de Víctor, que, para los primeros cristianos, era un intercesor que les ayudaba a alcanzar la salvación más rápida y fácilmente.
Naturalmente, en el siglo V se construyó una basílica. Lo que erróneamente llamamos «las criptas de San Víctor» son en realidad los raros y preciosos restos de esta basílica y cantera.
En algunos lugares, descubrirá una acumulación de sarcófagos (¡hasta 7 niveles!), algunos de los cuales nunca han sido abiertos. Son fabulosos ejemplos de arte cristiano de los siglos IV y V.
En el siglo XI, el abad Isarn inició la construcción de la iglesia superior y erigió una torre que, para los marselleses, constituía un hito en el paisaje, afirmando la presencia de la basílica. Desde finales del siglo XII hasta el siglo XIII, la abadía fue totalmente reconstruida según las reglas de los constructores románicos. Se construyó sobre la pequeña basílica del siglo V. Más tarde, el monasterio fue fortificado por Urbano V (papa en Aviñón y antiguo abad de San Víctor) y todo el conjunto se incluyó en el sistema defensivo del puerto.
Sumergida durante la Revolución y restaurada en el siglo XIX, la abadía de San Víctor es hoy, después del Louvre y el Museo de la Antigüedad de Arlés, un verdadero escaparate del arte paleocristiano a descifrar en sus numerosos sarcófagos.
