La Faculté des Sciences développe son activité autour de 7 départements : biologie, chimie, informatique et interactions, mathématiques, mécanique, physique, SATIS : Sciences, Arts et Techniques de l'Image et du Son.
Elle est implantée sur plusieurs sites : Saint-Charles (siège de la Faculté), Etoile avec Saint-Jérôme et Château-Gombert, Luminy, Aix-Montperrin et Aubagne (département SATIS).